無菌室一般為4-5平方米、高2.5米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩定性是無菌室的核心驗收指標。業內通行的驗收標準為100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，但由于持續穩定性難以測試，所以國內工程企業經常出現3年翻新現象，導致性價比縮水；而國際品牌工程，由于普遍按歐美環境指標執行，很難考慮國內建筑材料適應性，所以也經常發生穩定性失常狀況。在通行標準之外，還設有自身執行的長期維護、選材指標，凈化能力和環境適應力遠超國際品牌。
1、工作室應矮小、平整，面積只需4米2左右，高2.2—2.3米，內部裝修應平整、光滑，無凹凸不平或棱角等，四壁及屋頂應用不透水之材質，便于擦洗及殺菌。
2、室內采光面積大，從室外應能看到室內情況。
3、為保證無菌室的潔凈，無菌室周圍需設緩沖走廊，走廊旁再設緩沖間，其面積可小于無菌室。
4、無菌室、緩沖走廊及緩沖間均設有日光燈及供消毒空氣用紫外燈，殺菌紫外燈離工作臺以1米為宜，其電源開關均應設在室外。
5、無菌室與緩沖間進出口應設拉門，門與窗平齊，門縫要封緊，兩門應錯開，以免空氣對流造成污染。
1、無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。
2、室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。
3、每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧消毒空氣，最后紫外燈殺菌半小時。
4、定期檢查室內空氣無菌狀況，細菌數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底消毒滅菌。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測細菌總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。細菌`霉菌總數均不得超過10個為。
5、無菌室殺菌前，應將所有物品置于操作之部位（待檢物例外），然后打開紫外燈殺菌30分鐘，時間一到，關閉紫外燈待用。
6、進入無菌室前，必須于緩沖間更換消毒過的工作服、工作帽及工作鞋。
7、操作應嚴格按照無菌操作規定進行，操作中少說話，不喧嘩，以保持環境的無菌狀態。
微生物檢驗用器材及場所必須進行滅菌或消毒處理，不同的對象采用不同的處理方法：
1、高壓蒸汽滅菌：工作服、口罩、稀釋液等，置高壓殺菌鍋內，一般采用121℃滅菌半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理。
2、火焰滅菌：接種針、接種環等可直接火焰滅菌。
3、高溫干燥滅菌：各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃滅菌2小時。
4、一般消毒：無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行滅菌，必須用其他方法進行消毒處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭消毒，工作人員的手也用此法進行消毒。
5、空氣的消毒：開啟紫外燈照射30—60分鐘即可。
